V následujícím textu jsou pouze stručně uvedeny nedostatky a následky ústavní výchovy. Problematice ústavní výchovy se věnuje řada odborné literatury a není cílem tohoto textu zde podrobně o tomto tématu referovat.
„V České republice žije, podobně jako v jiných evropských zemích, 1 % dětí (kolem 20 0000), které nemohou vyrůstat ve své vlastní rodině. Pouze 2 % z této skupiny jsou úplní sirotci, kdežto 98 % jich tedy svou vlastní rodinu má, ale ta se o ně z nejrůznějších důvodů nemůže, nechce nebo neumí starat.“(Bubleová, Kovařík In: Matějček, 1999)
V porovnání s ostatními evropskými zeměmi většina z těchto dětí vyrůstajících mimo vlastní rodinu vyrůstá v insitucionální péči. Počet dětí v institucionální péči je alarmující a Česká republika si každoročně vysluhuje ostrou kritiku ze strany mezinárodních organizací (např. kritika Výboru pro práva dítěte OSN v roce 2003). Odborné studie i zkušenosti ukázaly, že institucionální výchova není vhodnou formou péče o děti bez rodinného zázemí. Zejména zástupci nevládních organizací se snaží o změnu této situace a vytvoření funkčního systému v náhradní výchovné péče.
Základními nedostatky ÚV jsou, jak jsou uvedeny ve Zprávě o stávajícím stavu náhradní výchovné péče o děti a mládež bez rodinného zázemí (2002) je to, že systém je komplikovaný, je v něm zahrnuto několik resortů. Systému chybí sjednocující orgán, který by nesl za systém a jeho organizaci odpovědnost. Celému systému a všem zainteresovaným institucím chybí vize budoucnosti. Jednotlivé resorty se snaží o zlepšování stávajících dílčích systémů.
Následky ÚV dle Matějčka, Bubleové, Kovaříka (1997) jsou psychická deprivace. Psychickou deprivaci definují jako „psychický stav vzniklý následkem takových životních situací, kdy subjektu není dána příležitost uspokojovat některé základní lidské potřeby v dostačující míře po určitou dobu“. Dalšími následkem, který si odnášejí děti z ÚV je nižší vzdělání, vyšší trestná činnost než u dětí vyrostlých v NRP nebo u biologických rodičů.